A partir de Flask-SQLAlchemy 3.0, todos los accesos a db.engine (y db.session) requieren un contexto de aplicación Flask activo. db.create_all utiliza db.engine, por lo que requiere un contexto de aplicación. La solución es muy sencilla en lugar del comando: '$python' dentro de su terminal deben abrir una shell de Flask con el comando '$flask shell' para iniciar un shell Python que ya tiene un contexto de aplicación y el objeto 'db' importado. Funciona tanto en Windows como Linux.