Hola Álvaro. A mí no me funciona el detectar el final de la transición con la propiedad elapsedTime y el if(e.elapsedTime === 1) document.body.classList.remove('animate') . ¿Puede que en realidad quede grabado 0.5s en CADA una de esas transiciones de modo que nunca computa 1 segundo entero? ... En su lugar, se me ha ocurrido detectar cuándo termina la segunda transición, o sea, la que tiene como propertyName el "top":

if(e.propertyName === "top") document.body.classList.remove('animate')

Y funciona perfect. :D